Der Ursprung der Pirnaer Stadtkirche liegt ebenso im Dunkeln wie die Gründung der Stadt. Als aber 1889 umfangreiche Sanierungsarbeiten an der Marienkirche vorgenommen wurden, fanden sich Reste von Vorgängerbauwerken, die ins 13. Jahrhundert wiesen. Das ursprüngliche Pirnaer Gotteshaus befand sich also mit Sicherheit am heutigen Standort. Und geht man davon aus, dass der in der Urkunde von 1233 genannte Pfarrer Gottschalk aus Pirna auch hier tätig und nicht nur gebürtig war, dann hätte die Stadt bereits in der Gründungsphase eine Pfarrkirche besessen.
Mit dem raschen Anwachsen der jungen Handelsstadt erwies sie sich bald als zu klein und wurde nach 1400 auf fast die Größe der späteren Hallenkirche erweitert. Die Tatsache, dass in ihr 16 Altäre standen, lässt ihre Ausmaße erahnen. Die Kirche, schon damals „vnsir Frowin kirch“, also Frauen- oder Marienkirche genannt, war nicht ganz unvermögend. 1294 z. B. erhielt sie von einem Sohn Heinrichs des Erlauchten verschiedene Grundstücke, darunter einen „hoipegarte“, einen Hopfengarten am Kohlberg.
Während der Zugehörigkeit Pirnas zu Böhmen unterstand St. Marien dem Zisterzienserkloster Ossegg bei Dux am Fuße des Erzgebirges. Dorthin hatte der Pfarrer von den Kircheneinnahmen 30 Schock Groschen abzuführen. Der Geldfluss nach Ossegg scheint aber gestockt zu haben, denn 1335 wies Böhmenkönig Johann seinen Burggrafen auf der Pirnaer Burg an, „das Kloster beim Genuss der mit der Pfarrkirche zu Pirna verbundenen Güter, insbesondere der Anteile aus den Zollerhebungen, gegen Beeinträchtigungen zu schützen“.
Als dann Markgraf Wilhelm 1404 die Stadt Pirna in Besitz nahm, wurden die Bindungen an Ossegg gelöst, und es wurde bestimmt: „Das Lehen über die Pfarrkirche in der Stadt Pirna hat der Landesherr.“ 1466 wurde mit dem Bau des heutigen Kirchturms begonnen. Um Baufreiheit zu erhalten, mussten nahestehende Häuser abgerissen werden. Das stieß auf Widerstand. Die Kammerrechnung von 1479 weist aus, dass ein Bürger Strafe zahlen musste, weil er sein Haus „wedder bauete, das die Stadt hatte lassen zerreißen, da sie den Thorm bauete“. Ein Turmbaumeister ist nicht bekannt. Der „Pirnsche Mönch“ nennt als „bawehern“ (Bauherrn) einen Klement Goldschmidt. Ursprünglich waren als Turmabschluss „vil köstlich subtil zyrden“, also eine durchbrochene gotische Spitze mit Steinmetzarbeiten, vorgesehen. Doch hatte man sich offenbar zu viel zugemutet, denn das bereits Ausgeführte musste „zum teyl widder abtragen werden“. Ein geplanter Neubau der Kirche aber zog sich hin und begann erst Anfang des 16. Jahrhunderts. Die erste Jahreszahl, die die Steinmetzen an den Mauern hinterließen, ist 1504.
Der Bau des Gotteshauses wurde von der gesamten Kommune getragen. Innungen, Familien und Einzelpersonen beteiligten sich an den Kosten. Zahlreiche „andächtige Patrioten“ leisteten „viele milde und freiwillige Beisteuer“, und vier Pirnaer hatten gar „einen Pfeiler samt dem Gewölbe auf eigene Unkosten aufführen und jeglicher sein Schild und Namen daran machen lassen“. Leider sind die vielen Sponsorenhinweise der Schneider, Fleischer, Schmiede, Wagner und anderer Handwerker und Kaufleute durch die Renovierung von 1802 zerstört worden.
Der Bau überforderte zeitweise die finanziellen Möglichkeiten der Stadt, kam wiederholt ins Stocken, und 1516 wurde sogar für 140 Tage ein Ablass zugunsten des Pirnaer Kirchenbaus ausgeschrieben. Nach 1521 ruhte der Bau für Jahre. Erst mit der Einführung der Reformation 1539 ging es wieder voran, und 1546 war St. Marien, eines der bedeutendsten spätgotischen Baudenkmäler Sachsens, vollendet.
Quellen und weiterführende Literatur: Stadtarchiv Pirna. Pirnaer Anzeiger Mai/Juni 1887. A. Meiche, Historisch-Topographische Beschreibung der Amtshauptmannschaft Pirna. J. Uhlmann, Festschrift zur 300-Jahresfeier der Stadt Pirna. Neue Sächsische Kirchengalerie. Petermanns Pirnische Chronik.